一、控制污染源，減少污染發生量
盡量采用產生污染物質少的工藝及設備，或采取必要的隔離和負壓措施，防止生產工藝產生的污染物向周圍擴散；減少人員及物料帶入室內的污染物質。 
二、有效地阻止室外的污染侵入室內
這是潔凈室污染控制的最主要途徑，要考慮空氣潔凈處理的方法、室內的壓力控制等。根據房間不同的潔凈度要求，用不同方式送入經過不同處理的、數量不等的清潔空氣，同時排走室內產生的所有臟空氣，使室內空氣維持在要求的潔凈度水平。
由此可見，對送入空氣的潔凈處理是十分關鍵的環節，這也是潔凈室換氣次數大大超過一般空調房間的原因。潔凈度等級越小，其換氣次數越多，對于室內正壓的控制，工業潔凈室和一般生物潔凈室采用正壓措施。
三、迅速有效地排除室內已經發生的污染
這也是體現潔凈室功能的關鍵。合理的氣流組織，即通過送風口及回風口位置、大小、形式的精心設計，使室內氣體沿一定方向流動，以防止死角及造成二次污染。不同的氣流組織均直接影響施工的難度及工程造價。
四、流速控制
潔凈室內空氣的流動既要有一定速度，才能防止其他因素（如熱流）的擾亂，但又不能太大，流速太大將使室內積塵飛揚，造成污染。
五、系統的氣密性
不僅通風系統本身要求氣密性好，對建筑各部分結合處、水暖電工藝管道穿越圍護結構處亦應堵嚴，防止滲漏。一般看得見的縫隙、裂縫均無法阻止0.5um粒徑的粉塵通過。
六、建筑上的措施
涉及建筑周圍環境的設計、建筑構造、材料選擇、平面布局、氣密性措施等。可采用產塵率少、不易滋生微生物的室內裝修材料和家居。
 
在生產工藝或操作過程中，利用空氣潔凈技術來控制生產車間的微粒污染，就必須采用符合要求的材料來建造潔凈室。只有在潔凈室內，才能有效地控制微粒污染。可見，空氣潔凈技術與潔凈室密不可分。